Pode haver emenda constitucional inconstitucional?

Sim, caso fira as cláusulas pétreas. Com essa justificativa o STF declarou a inconstitucionalidade do artigo 2º, da EC 52/06, na ADI 3685-8, por considerar o artigo 16, da CF, uma garantia individual do cidadão eleitor, e, portanto, imutável, ainda que por emenda constitucional.